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财政大臣和农工大臣由相璋一人兼任，这其实也是对当初组织成员的一项补偿。毕竟组织建立时的五人如今已经只剩三个，而陆仁一来忙于研究不任事，二来他的身体所以实际上组织就剩赵抗他们两个人了。何况即使如此，相璋的权力还是不如以前的。外交大臣和监察大臣暂时没有合适的人选，赵抗打算公开求贤。这些大臣都算是文职人员，基本俸禄和待遇要明显高于军官，但是军人是有功勋和斩首收入的，所以实际上还是军官更高。在赵抗看来这样是比较合理的，毕竟他们可是要冒生命危险的，而赵抗又禁止官兵私自分配战利品。
接着就是功臣的封赏升调了，近卫师三大部分打散重编，不再细分为骑兵、步兵和弩兵，要求每个士兵都必须是全能，江晨星升为近卫师师长，孙大鹏为副师长，兼任一团团长。由于有不少符合条件的新兵加入，现在近卫师的人数也终于达到了二万八千人，随着这些新兵在老兵的言传身教下迅速成长，这支已经闻名天下的军队将更加可怕。
而原来的几个步兵师则打散重组，将那些从解放奴隶和被掳壮丁中精选出的士兵充实其中，数量达到了二十万，并将在随后的训练中进一步精编，最后保持在八万到十万的规模，改称为第一军，由赵抗亲自任军长。下辖三个师，其中的第一师由赵抗的亲信郭玉担任。“黑狼”骑兵师本身编制不变，隶属于全部由胡人组成的第二军，也由赵抗任军长，而阿尔的外籍兵团，在编制上也隶属于第二军。第二军由于在燕京一带又获得了不少兵员，如果连阿尔的部队和南洋土著士兵也算上，已经超过了六万人。
这里必须提一下赵抗发起的军事改革，他将陆军分为两大类——地方驻军和野战军，地方驻军数量相当多，超过二十万，农忙时种田，农闲时训练，他们的职责很明确——保境安民，并且在战时从中抽调工兵。同时为了磨炼他们的吃苦能力，赵抗还给他们安排了一项任务，在遇到自然灾害时，他们必须帮助地方抵御灾害，他们战时及救灾时的开支由地方财政支付，种田时则不给军饷，但可以免税，所以大家还是踊跃参加的，毕竟地方驻军里是相对安全的；野战军则包括近卫师、第一军以及编制未满的第二军这三大块，总兵力约十多万，相关费用由中央财政支付。他们的职责更为明确，就是杀人，这支为进攻而准备的劲旅将在战场上展现出令人瞠目的力量来。
海军也进行了类似的划分，分为地方舰队和远洋舰队，地方舰队除了要守卫海岸外，还负责海上的商业交易与清剿海盗的任务，不但没有拨款，反而还要向中央和地方财政交税。尽管如此，因为海上贸易的利润太大，地方舰队里的职位大家还是趋之若鹜。地方舰队的总兵力赵抗计划扩充到三十万；远洋舰队则不同，他们的舰船至少是大型船，还有不少是巨型船，绝对称得上是一支可怕的海上力量，他们的职责是控制航线、攻击或封锁敌国港口以及大规模兵力投送。虽然总兵力只有十万不到，但一来船好，二来以远程攻击为主，在海战中优势很大。
说到这里，不得不提一下当初赵抗下令绑架南宋工匠及其家属的行动。虽然这导致南宋朝廷与组织实质上的决裂，但是靠着他们的帮助，很快台湾便制造出了质量完全合格的床弩和神臂弓，而且他们还将带出大批的学徒。再配合标准化和分工协作的推广，这些军械的成本都会大为降低，将来远洋海军的战斗力还能上升数倍。
回过头来再说舰队，目前远洋舰队只有一支，即南洋舰队，但赵抗将手中所有的二十三艘轮船全部抽出，并安排大量工匠，准备将它们全部改造成远程攻击的类型，再装备大量的床弩和投石机，组成了一支新的远洋舰队——西洋舰队，由郑南臣担任舰队提督，可见赵抗对他的器重和期望。至于上次越权指挥的事，赵抗根本就没放在心上，只要结果好，他基本都是不问过程的。
谈完军队就要说民众百姓了，由于这次从北方通过掳掠或其他方式，带来了大量人口，赵国建国时全国的总人口将会超过三百五十万，一个台湾岛已经根本无法容纳了。于是赵抗便下令由中央财政出钱，向已控制的南洋诸岛强制移民五十万，等一年后再次移民五十万，反正他现在手上有的是钱。移民采用集中定居的方式，随人口的增长逐步扩大他们的活动范围，以免因为人数不足反而被当地人同化。
一般初到南方的北方移民，往往会因为毒虫叮咬或水土不服而大量死亡，也即是通常说的所谓“瘴疠之气”但因为他们按照陆仁提出的方法，砍光居民点周边的森林、并填平沼泽和小的水塘，这些因素对他们的威胁便大为减弱，死亡人数更是比预计的要少得多了。
大量新移民的到来，再加上魔典中计数的工艺对外公开推广，使得赵国原本只在极少数领域领先的工艺水平，获得了全面地提升。由于花纹钢的锻造成本大幅度下降，赵抗下令将近卫师标配箭矢的箭簇全部用花纹钢来制造，使得他们所用的弓弩威力大增。以神臂弓为例，在一百步的距离内，甚至可以贯穿身披两层重铠的士兵而出。并且箭簇的形状也有了严格规定，被射伤之人将血流不止，在战场上这意味着敌军士兵伤亡数中的死者比例将大幅度提高。所以箭头涂毒已经不再有多大的必要了，这便大大降低了开支。
虽然神臂弓已经能大量生产，但赵抗仍不是很满意，他又提出了改进的要求，主要目标是小型化和降低成本，比如寻找檀木的代替材料来制成弩臂。而床弩的改进方向则是体积更大，威力更大，射程更远，因为对于战舰来说，弩重点大点没有太大关系。与以上这些工艺进步神速不同，火药武器的研究进展极其缓慢。靠火石引发的爆炸物目前虽有进步，但可靠性还太差，十个里面才三四个能炸响，赵抗了解情况后立刻削减了这个项目四分之三的经费。火箭的改进倒是很顺利，可它在赵抗眼中形同鸡肋，火箭是给单兵使用的，十几支可能还不一定射得死一个敌人，却要浪费时间去点火