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公文的主题词是适应机关办公自动化、公文处理规范化的需要，从公文标题选取转换出来的，能反映公文主题概念的词或词组。公文主题词的标引主要依据是由国务院办公厅秘书局制定的国务院公文主题词表。此外，各地区和各行业都结合自身公文处理实际，制订了各自的主题词表。我们水利部黄河水利委员会公文处理的主题词标引，使用黄河水利委员会公文主题词表。
一、主题词标引程序三步走
第一步:审读文件，分析主题。
首先通读公文，了解公文的主要内容和发文意图。一般来说，审读文件标题，进行主题词标引是文秘人员常用的方法。如文件标题能概括公文的主要内容，就从标题入手分析主题。否则，就要从公文的内容入手进行主题分析。
其次分析主题。首先看一篇公文标题是单一型的主题还是多个主题。单主题标引时用多个表达同一概念主题词，多主题用分组的多个主题词分别表达各自的主题概念。
分析主题重点是主题结构分析。即分析主题里面的主要成分和次要成分以及它们之间的关系。黄河水利委员会公文主题词表将主题结构次序分为主体因素、通用因素、空间因素、文种因素五类。
第二步:提炼、转换主题概念。
经过分析主题类型和主题结构后，就掌握了一份文件的全部主题概念。对这些主题概念，并不完全需要标引出来，而应当去粗取精，有所取舍。要提炼标引那些最重要的、专指性最强的主题概念，舍弃一般的主题概念。
对提炼出的公文真正具有检索意义的主题概念，查公文主题词表将其准确、规范、科学地转换成主题词。查表取词的主要途径:(1)直接查字顺表，适用于析出的主题概念与主题词表的词一致或接近。可以用拼音、也可用部首来查。(2)查范畴索引。主要适用两种情况，一是公文主要内容集中于某一范畴，为提高标引效率，可先查范畴索引;二是主题概念一时找不到合适的词，但范畴比较明确，也可查范畴索引。(3)查词族索引。适用于查比较复杂的主题概念时，从复合主题的某一词素入手，克服复杂主题查找时词汇形式难以确定的困难。
第三步:标引记录，审核校验。主题词成功转换后，根据国家机关公文格式规定，将主题词标注在公文末页下部抄送栏目左上侧。词目之间空一字，不用标点符号，按主体、通用、空间、时间、文种等要素，依次进行著录。
在结束主题词标引之前，必须对标引结果进行审核。审核的主要内容有:(1)主题概念提炼是否准确、全面，有无漏项;(2)主题词的转换是否符合标强规则和组配规则;(3)同类型公文所选用的主题词是否一致;(4)标引记录有无遗漏等。如发现问题，及时纠正补救。
二、主题词标引三要
一要准，即主题词的标引对公文的内容揭失要准确，包括两个方面的内容，(1)在主题分析过程中对公文主要内容的分析和提炼是否准确，(2)对分析出来的主题概念转换成主题词准确。二要全，标引主题尽量能全面反映公文的主题内容，不能漏标。黄委系统公文主题词最大标引深度不超过7个。三要专，即标引的主题词与公文主要内容的相符程度，一般说来，对于一个公文主题概念只有一个专指的主题词。这是衡量主题词揭失主题概念精度的一个重要因素。
三、主题词标引三不
一是不能使用表外词。有很多人在标引主题词时，往往都是从标题中抽取几个关键词进行标引，根本没有由于使用主题词表转换，致使标引的主题词出现了表外词，这是主题词标引的大忌。
二是不能颠倒顺序。主题词的标引按照主体、通用、空间、时间、文种五大因素的顺序排列。但是有很多人都是依据公文的标题，从前向后依次标引。
三是不能字面组配。主题词标引时经常遇到待标的主题概念没有现成的主题词可供直接标引，必须先将该主题概念分解成二个以上的简单的主题概念，然后再分别用相应的主题词进行转换。分解时应将主题概念分解成两个或多个有交叉关系的子概念，或者是有限定关系的子概念，切忌避免字面拆分。
主题词标引是一项基础性工作，也是技术性很强的工作。做好这项工作，不仅需要从业人员熟悉使用的标引工具，熟练掌握标引规则和方法，而且还要掌握相应的专业知识，更需要从业人员严谨、认真、踏实的作风。限于篇幅，不再一一赘述。