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献帝初平元年（190）春天，刚刚把持了朝政的董卓还没有来得及享受权力的快感，迅即遭到了关东联军的集体声讨。
按照董卓的脾气，应该立即放凉州军出关，把袁绍、袁术、曹操这些人全部解决了，论实力他有这个把握，但他却不能这么做，因为在他的背后有日益壮大的白波军，以及驻扎在关中地区的一支由名将皇甫嵩率领的中央军。董卓考虑再三，认为当前不能对关东联军强攻而只能智取，要设法激化他们内部的矛盾，让他们产生分裂。同时也得做出另一手打算，如果不能消灭关东联军，干脆迁都长安。
董卓想到这个方案的时候一定很高兴。他召集朝臣们开会，宣布了这个计划。原本以为经历了废立事件已经没有人再会反对他，但这一次他错了。司徒杨彪、太尉黄琬、司空荀爽等重臣齐声反对，董卓看见反对的人分量很足，不敢轻易动粗，而是拿出了一本《石包谶》的神秘预言书，上面说后汉经历十一世皇帝以后应该迁都。
但董卓又错了，因为玩这个显然更不是他的强项，杨彪直接斥责《石包谶》为妖书：“迁都是天下大事，盘庚迁都亳邑，百姓无不怨恨。过去关中遭王莽破坏，所以光武帝才迁都洛阳，经过这么多年，百姓安乐。现在无故放弃宗庙、园陵，必然使百姓惊动，势必如用滚开的水去煮稀粥一样，造成全盘混乱。《石包谶》是妖邪之书，岂可相信！”
杨彪的父亲杨赐当过汉灵帝的老师，向来以敢说真话著称，在这方面杨彪一点儿不输于他爹。董卓耐着性子听杨彪说完，然后说：“关中肥沃富饶，所以秦得而并吞六国。陇右出产木材，杜陵有武帝留下来的陶器作坊，都可以利用。至于百姓议论，那算什么？如果敢反抗，我以大兵驱之，把他们都赶到大海里喂鱼虾！”杨彪仍然反对：“天下大事发动容易，收拾残局很难，请慎重考虑！”董卓有些不耐烦了：“你打算破坏我制定的国策吗？”杨彪还没说话，太尉黄琬站出来支持杨彪：“杨公所说有道理，值得参考。”
董卓黑着脸，不吱声。荀爽一看杨彪可能有危险，赶紧出来打圆场：“相国哪里喜欢迁都，只是关东兵起，不是一天两天可以解决，所以才迁都以应对，这正是效仿秦、汉，借山川之势来控制天下啊！”
听荀爽这么一说，董卓的气才消下去一些。但是董卓当场免除了杨彪、黄琬等人的职务，提拔王允当司徒，赵谦当太尉。董卓还明确，王允作为自己的助手负责具体落实迁都事宜。
董卓一直想找个人当助手，尤其决定迁都后得长安、洛阳两头跑，自己一个人实在忙不过来，在选择王允之前他看好的人是朱儁，朱儁是当年讨伐黄巾军的3位主将之一，在军中素有威望，还担任过全国武装部队副总司令（右车骑将军），如能为己所用，那再好不过。
朱儁此时的职务是河南尹，董卓派使者向朱儁宣读委任诏书，任命他为太仆，并且明确是相国的副手，但朱儁不愿意接受，对董卓的使者说：“朝廷要西迁，必然让天下人失望，正好助长了关东联军的声势，我不知道这行不行。”使者对朱儁说：“任命你你拒绝接受，没问你西迁的事你却说这么多，为什么？”朱儁至少也是朝廷的部长，一个下级官吏口气不诚不敬，让朱儁很恼火：“副相国不是我所能称职的，迁都是错误的，这件事很紧急。辞去不堪之任，陈述当下之急，没什么不妥吧？”朱儁再三推辞，董卓只好作罢，让时任尚书令的王允当太仆。
在用人方面董卓最近总是吃亏上当，上过伍琼、周毖的当，又上过郑泰的当，眼前这个王允也是一名党人，曾与前大将军何进以及袁绍等人一起奋不顾身地同宦官做斗争，对于这段渊源董卓竟然不够了解，与刚刚被杀的伍琼等人相比，王允才真正深不可测。
董卓现在特别欣赏王允，这是因为王允特别能装，对于董卓做出的决定王允从不当面反对，派给他什么活，他都积极去落实。董卓对王允很满意，让他负责具体的迁都事宜，好让自己全力以赴部署与关东联军作战的事。
要迁都长安，必须先解决在关中手握重兵的左将军皇甫嵩，董卓想了一个办法，他以天子的名义征皇甫嵩为洛阳城城门校尉。
长安要成为新首都，长安所在的京兆尹就相当于河南尹了，也十分重要。目前担任京兆尹的是盖勋，就是洛阳大阅兵时跟灵帝在阅兵台上对过话的那个人，董卓以天子的名义征他为议郎。谁都能看出来，这是要解除二人的兵权。
诏书送达关中，皇甫嵩的长史梁衍建议：“董卓霸占京师，擅自废立，现在又征将军您，您如果去了，大则有生命之危，小则受困遇辱。趁现在董卓还在洛阳，天子即将西来，将军可以率众迎接至尊，奉令讨逆，袁绍等人在东，将军您在西，董卓可擒！”但皇甫嵩不敢接受这一类的建议，而是到洛阳就任。皇甫嵩一走，盖勋即使有想法也孤掌难鸣，只好随后去了洛阳。看到皇甫嵩自动送上门来，董卓大为高兴。
去年朝廷改任董卓为并州牧，诏令他把手下的人马交给皇甫嵩，董卓坚决不答应，为此跟朝廷一度陷入僵持，皇甫嵩曾上书朝廷，朝廷下诏责让董卓，董卓与皇甫嵩进一步结怨。现在皇甫嵩到了洛阳，董卓决定对他进行报复，马上授意有关官员上奏朝廷找了个借口诬陷皇甫嵩，董卓令人把皇甫嵩抓了起来，想把他杀了。
皇甫嵩的儿子皇甫坚寿跟董卓有一定交情，目前也在洛阳。董卓摆设酒宴大会宾朋，皇甫坚寿在席间突然抢到董卓面前和他辩理，责以大义，又叩头落泪，为父亲申冤求情。在座宾客深受感动，也纷纷替皇甫嵩求情，董卓这才离席而起，拉起皇甫坚寿和自己同座，并派人释放了皇甫嵩，任命他为议郎。
初平元年（190）2月17日，朝廷正式开始迁都。
迁都前，董卓派兵到洛阳周边四处抢掠。凉州军本来军纪就很差，对付老百姓以手段残忍而著称，接到董卓的命令，大家抢得更欢了，一时间洛阳周围地区成为人间地狱。董卓下令把洛阳一带所有富豪集中起来，胡乱安个罪名集体处死，财产全部没收。普通百姓强迫迁往长安，不愿意走的全都处死。
董卓下令在洛阳周围200里范围内大行烧光、抢光、杀光，还命令士兵开棺掘墓，盗取珍宝，邙山一带密集地排列着本朝多位先帝的皇陵和许多贵族的墓地，大都无法幸免。洛阳东边有个阳城，乡民正在举行祭神仪式，凉州军开到，立即大开杀戒，所有男人全部被杀，载着抢来的妇女，一路敲敲打打，宣称在前线打了胜仗。前线被抓住的俘虏情况更惨，凉州兵用布涂上油裹在他们身上，活活烧死，围观的人看着取乐。
经过半个多月的长途跋涉，献帝等一行于3月5日到达长安。长安城原有未央宫，是萧何主持下在秦章台基础上扩建的，规模宏大壮丽，但王莽失败后，汉军、赤眉军两次攻入长安，未央宫遭到焚毁。献帝仓促西迁，后宫及朝廷各署衙纷纷涌来，只好因陋就简，未央宫还无法居住，献帝只能在京兆尹府临时下榻。
董卓还在洛阳，司徒王允全面负责长安事务，他协调内外，尽量保证各项迁都事宜有序进行。未央宫在加紧整修下勉强可以入住，献帝不久搬入未央宫。
送走了献帝，董卓觉得有一件事该办了。3月18日，董卓命令司隶校尉宣璠斩太傅袁隗、太仆袁基。袁绍的生父袁逢、继父袁成都死了，袁隗、袁基是袁绍的叔父。董卓本想再留袁家人一阵，作为和袁绍、袁术谈判的筹码，现在既决定西迁长安，留着也没用了。袁家在洛阳的亲属有五十多口，全部被杀，连婴儿也不放过。袁氏遭灭门后，先被集中埋在洛阳城青城门以外、东都门以内的一个地方，上面做了标记。董卓后来担心有人来盗取，把他们又都挖出来，送到关中的郿坞。消息传到河内郡和鲁阳县，袁绍、袁术痛哭，誓报此仇。袁氏灭门之祸，董卓是凶手，但袁绍、袁术也无法脱去责任，他们决定兴兵讨伐董卓的时候就应该料到有这样的结局。
但这为袁绍争取到同情，感其家祸，很多人都来投奔他们，有些人虽然没有来到袁绍帐下，也打着袁绍的旗号起事。